Музей истории Православия открыт 4 ноября 2016 г., в День народного единства и День образования Марийской автономной области. Он является филиалом Национального музея Республики Марий Эл имени Т. Евсеева. Экспозиция музея – проект, созданный в результате сотрудничества Национального музея, МарНИИ и Йошкар-Олинской и Марийской епархии. Она отражает историю появления христианства, особенности храмового строительства и приходской жизни на территории Марийского края в XVIII – начале XX в. Отражена миссионерская и культурно-просветительская деятельность Православной Церкви в этот временной промежуток. Специальные разделы рассказывают о жизни верующих нашей республики в советский период и в настоящее время.
В экспозиции использованы фондовые материалы Национального музея имени Т. Евсеева: иконы, распятия, складни, облачения священнослужителей, фотографии, документальный материал, духовная литература. Представлены инсталляции «Монашеская келья Свято-Троицкого женского монастыря в г. Козьмодемьянске», «Разрушение Входо-Иерусалимской церкви Богородице-Сергиева женского монастыря в г. Царевококшайске». Также можно увидеть макеты нескольких церквей дореволюционной столицы республики, выполненные в масштабе.
Уникальной особенностью экспозиции является возможность увидеть убранство алтаря православного храма: копии жертвенника и престола, богослужебные предметы, изготовленные художественно-производственным предприятием «Софрино». Украшением музея, неизменно привлекающим внимание посетителей, является переносная звонница.
В 2021 году была открыта внешняя выставка, подготовленная благодаря грантовой поддержке Росмолодёжи. В ходе реализации проекта установлены металлические конструкции на стенах, обращенных к набережной р. Малой Кокшаги. Они используются для размещения временных выставок.
Эта, а также другие выставки музея доступны для людей с ограниченными возможностями здоровья